Действие «Мортидо» начинается в 1907 году. Ученица Фрейда Сабина Шпильрейн возвращается из Вены в Россию, чтобы прервать болезненный роман с доктором Юнгом и начать жить с чистого листа. На родине судьба сводит Сабину с дворянином Митей, однако и эти отношения складываются непросто: мать Мити Анна Павловна настроена против Сабины, а отец девушки намерен выдать ее за зажиточного еврея Леву, увлеченного идеями коммунизма. Сабина пишет Фрейду подробные отчеты о своей жизни, а тот вместе с Юнгом на основе писем Шпильрейн пытается подвергнуть Россию психоанализу и разгадать загадку этой далекой страны.