Действие аниме разворачивается в недалёком будущем, спустя 10 лет после событий игры Shin Megami Tensei: Persona 3.

Двое братьев, Канзато Джун и Шин возвращаются в родной город Аянаги, где происходят странные события. В разных местах обнаруживают изуродованные тела людей, а в школе у ребят появилось какое-то новое увлечение. Расследованием непонятных смертей занимается их старший брат, Канзато Рё. Он вроде бы вообще не рад приезду братьев и пытается отослать их обратно, но Шин быстро понимает, что уже глубоко завязан в происходящем и решает сам найти ответы.