Рантаро родился в низшем сословии ниндзя. Однако его родители надеются, что когда-нибудь, он сможет стать элитным ниндзя, чтобы семья могла гордиться им. Оправдывая ожидания своих родителей, он поступает в Академию Ниндзя. Там он подружился с Шинбе, ребенком из богатой семьи торговцев и Киримару, который потерял отца во время войны.
Студентов в Академии ниндзя называют "нинтами", что означает "будущие ниндзя". В Академии, времени хватает и на забавы, но есть у Рантаро, Шинбе и Киримару и трудности в учебе.
Однаждый в доме появляется убийца, который хочет убить Юкитака Саито и его сына, четвероклассника Академии ниндзя, Такамуру. Хотя Юкитака Саито теперь и управляет популярным магазином, Юкитака и Такамура, когда-то были членами ниндзя Усетаке. Теперь ниндзя Усетаке хотят убить их обоих. Смогут ли студенты Академии ниндзя спасти их?
