Гелиополис, так называемая нейтральная космическая колония, на которой проходили разработки сверхсекретного экспериментального оружия, производит ГАНДАМОВ для Земного Альянса. ZAFT, состоящий из Координаторов (генетически модифицированных людей), атакует Гелиополис, выкрадывая 4 из 5 ГАНДАМОВ альянса. На поле битвы, гражданское лицо Кира Ямато натыкается на Страйк, последний оставшийся ГАНДАМ альянса, и по стечению обстоятельств вынужден его пилотировать. Посреди сражения он сталкивается со своим лучшим другом, Атруном Залай, который, как оказывается, был одним из налетчиков, которые украли 4 ГАНДАМА. Кира не примыкает ни к ZAFT, ни к альянсу. Он пилотирует ГАНДАМ, чтобы защитить своих друзей и противостоять своему лучшему другу, который причиняет боль им обоим. Это - война между двумя "правдами".