Детектив-старшеклассник Кудо Шиничи благодаря своему интеллекту раскрыл множество дел. Однажды в парке аттракционов он замечает подозрительных людей в черном и решает проследить за ними. Наблюдая за сделкой, юный детектив не заметил, как сзади подкрался еще один из людей в черном, который оглушил Кудо и дал ему принять странный наркотик, из-за которого тело Шиничи уменьшилось. Решив скрыть свою личность, он пытается раздобыть информацию по этим людям в черном и вернуть себе прежний облик, по пути распутывая разнообразные дела.
Второй фильм расскажет нам еще об одном деле, в котором замешаны числа, японская письменность, игральные карты, Конан, Мори Когоро и прочие люди.