Угрожающие жизни человечества атаки Ангелов не прекращаются, и НЕРВ вводит в действие двух новых пилотов — Аску и Мари, как будто не отягощенных грузом физических и психологических проблем... но не станет ли в результате положение из критического просто безнадежным? Тем временем, Гендо Икари и ЗЕЕЛЕ продолжают работу над секретным проектом, в который вовлечены два первых пилота «Евангелионов» — Синдзи и Рей…