Сюжет повествует о событиях, произошедших с 16 по 24 декабря, то есть спустя месяц после фестиваля культуры. 17 декабря был обычный школьный день. Харухи захотелось организовать вечеринку по поводу приближающегося Рождества. Однако по какой-то причине мир для Кёна на следующий день полностью изменился. После некоторых сомнений он понял, что Харухи больше нет в его школе. Юки теперь не пришелица, Микуру — обычная школьница, а никакого загадочного переведённого ученика и вовсе не было. Единственной зацепкой является тандзаку , небольшой кусочек тонкой цветной бумаги с написанными на нём желаниями, оставленный Юки-пришелицей, где говорится о необходимости собрать «ключи» для запуска некой «программы»…