Действие Space Battleship Yamato происходит в 2199 году, когда инопланетная раса «гамилов» с помощью радиоактивных бомб делает жизнь на планете Земля невозможной, поэтому человечество уходит под землю. Однако радиация оказывает своё разрушительное влияние даже на подземные города. По примерным оценкам, человечеству осталось существовать год. Сражаться же с инопланетянами они не могут, так как их космофлот значительно уступает инопланетному по боевой мощи.