Сюжет повествует о происках Хируко - друга трёх легендарных Саннинов. Хируко не был столь одарёнными как Джирайя, Цунадэ или Орочимару и страдал из-за этого. Выходом стало похищение геномов других ниндзя с целью стать сильнее. Хируко путешествовал по странам и воровал Кэккэй Гэнкаи. Последней его целью должен был стать Какаши Хатакэ, обладающий шаринганом. Так как ещё давно он наложил на того печать, которая позволяла ему контролировать Какаси, он с легкостью привел его к своему убежищу. Однако Наруто, Сакура, Сай, Нэджи, Ли, Тэнтэн, Хината, Шино, Киба, Чоуджи, Шикамару и Ино хотят предотвратить это и отправляются вслед за Какаши, хотя Хируко и отправляет им на встречу своих подчинённых — Ичи, Ни и Сана, но Наруто убивает Хируко расэнсюрикэном.