2034 г нашей эры. Прошло два года с тех пор как Мотоко Кусанаги, ушла из 9 отдела. Тогуса — теперь новый лидер команды, в которой теперь сильно увеличено количество персонала. Расширенный новый 9 отдел противостоит множеству сложных инцидентов, и исследования показывают, что отличный хакер, названный Кукловодом — виновник всего ряда событий. Ряд интригующих инцидентов, которые лица 9 отдела постепенно соединяют почти мастерски. Кто — Кукловод? Что случится с отношениями Бато с Мотоко? Что в действительности стоит за этим тщательно запланированным прекрасным преступлением? И, каков же будет результат? Тайны окружают Сообщество стабильной государственности…