История начинается 28 июля 2010 года в Акихабаре, когда студент Токийского университета Ринтаро Окабэ находит в здании Radio Kaikan, где проходила конференция по вопросам путешествия во времени, тело Курису Макисэ, одной из участниц, в луже крови. В панике он отсылает своему другу электронное письмо о произошедшем. Однако уже через несколько часов он сталкивается с Курису, чье спасение как-то связано с тем самым электронным письмом, которое, как впоследствии выясняют главные герои, изменило прошлое.