Доктор Оки, ученый гений, который спроектировал новый тип субмарины, внезапно исчез. Его сын, Сусуму, чувствует в этом исчезновении почерк какой-то зловещей организации. Он знает все о субмарине своего отца, названной ‘Супер 99' – оборудование, оружие, функции и возможности.  Сусуму думает, что найти его отца - значит разоблачить секретную организацию, Группу Шлем, и остановить их заговор. С помощью друзей и корпуса морской пехоты, он отправляется на подводные поиски, не зная, насколько опасными они могут оказаться...