Действие происходит в Академии Кросс — престижном частном учебном заведении. В этой академии существует два отделения — Дневное и Ночное. На Дневном учатся обычные люди, а ученики Ночного считаются элитой. Студенты Дневного класса и их преподаватели не знают, что в реальности все ученики Ночного — вампиры. Главная героиня, Юки Кросс, — воспитанница директора Академии. Вместе с Зэро Кирию — другим воспитанником директора Кросс и наследником клана охотников на вампиров — они, как префекты, должны следить за порядком в Академии, по возможности пресекая все контакты между Ночным и Дневным классами, сохраняя при этом тайну вампиров.