Ученик старшей школы Эмия Сиро становится невольным участником так называемой «Войны Святого Грааля», время от времени проходящей в японском городе Фуюки. Это борьба семерых магов за обладание легендарным артефактом — Святым Граалем, который исполнит любое желание победителя и, таким образом, изменит его судьбу.

Каждый маг с момента своего начала участия в войне призывает слугу — одну из великих героических душ прошлого или будущего — сражающегося на стороне своего хозяина. Битва ведётся до тех пор, пока не останется одна пара мастера и слуги. Эмия Сиро против собственной воли призывает мечницу, поставившую себе цель добраться до Грааля любым путём. Однако, он не желает участвовать в битве. Эмие начинает помогать Рин Тосака — сильный маг, которая учится в той же школе, что и Сиро. Но правила войны Святого Грааля указывают на то, что рано или поздно им предстоит сразиться между собой, а наиболее возможный исход для проигравшего — смерть.