В центре сюжета сериала «Охотники» — агент ФБР Флинн Кэролл из Балтимора. После того, как его жена похищена неизвестными, он уходит из бюро и вступает в секретную правительственную службу по борьбе с террористами, которые оказываются пришельцами. В попытках отыскать жену и противостоять сети инопланетян на Земле Кэролл понимает, что под масками его коллег могут скрываться такие же таинственные существа, прибывшие из другого мира.