События разворачиваются в 2027 году, спустя год после окончания неатомной четвёртой мировой войны. В Ньюпорт-Сити взрывается бомба, которая убивает торговца оружием, у которого могут быть связи с таинственной организацией 501. Сотрудник службы безопасности Арамаки нанимает хакера Мотоко Кусанаги, чтобы она помогла ему разобраться в этом деле. Детектив Тогуса, расследующий серию убийств проституток, которые, как он полагает, связаны с происшествием, полагает, что преступником является сама Кусанаги. Кроме того, за Кусанаги следит и полковник из организации 501.