2034 год. Мотоко Кусанаги покинула 9-ый отдел, который за это время разросся до команды из 20-ти полевых оперативников во главе с Тогусой. Сотрудники 9 отдела сталкиваются с несколькими странными случаями, которые приводят их к главному подозреваемому, высококлассному хакеру Кукловоду.

Во время расследования пути Бато и Мотоко пересекаются. Она предупреждает его не приближаться к Сообществу Крепкого Государства. Как выяснилось потом это общество было создано для использования ментальных ресурсов стариков подключённых к здравоохранительной системе наблюдения, которая поддерживала их жизнь пока они не умрут естественной смертью. Также подключённые к системе могли заботиться о сиротах или детях из неблагополучных семей, обретая смысл для жизни и завещая этим детям своё имущество после смерти. Однако, детей стали похищать чтобы сделать частью системы. Официальные лица ничего не подозревали об этом. За всем этим и стоял Кукловод, создавший инфраструктуру похищения детей и промывки мозгов им и их родителям.