История «Shiki» происходит очень жарким летом в девяностых годах XX века, в маленькой отдалённой японской деревне Сотоба, окружённой с трёх сторон лесом. Загадочная серия смертей начинает распространяться по деревне и в то же время нечто странное происходит в давно заброшенном особняке семьи Канэмаса. Тосио Одзаки, директор единственной клиники Сотобы, сначала подозревает эпидемию, однако, расследуя эту непрекращающуюся цепочку смертей, приходит к выводу, что они являются делом рук вампиров, преследующих деревню. Школьник по имени Юки Нацуно, ненавидящий деревенскую жизнь, расследует загадочную смерть своего друга и приходит к таким же выводам.