Юми Икома и Рё Масаока — дети, которые были выбраны для участия в секретной миссии. Они должны стать пилотами первых Фафниров — последний шанс на выживание для человеческой расы. Враг безжалостен и беспощаден, обладает способностью читать мысли людей. Поэтому детали этого задания хранятся в тайне даже от персонала. Молодые пилоты должны использовать все свое мужество и веру для того, чтобы выжить и завершить свою миссию, или судьба человечества будет поставлена под угрозу.