Когда на человечество напали загадочные летающие объекты Дзай, понадобилось оружие для противостояния им. Так началась разработка особых истребителей Дочерей, пилотами которых стали похожие на девушек механизмы Анимы. Старшеклассник Кэй Нарутани плыл в Японию, когда на корабль напал Дзай. Во время эвакуации Кэй видит светящийся красным истребитель, который сбивает Дзая, но сам тоже падает в море. Кэй решает, что должен спасти пилота, которому обязан жизнью.