Современная Япония. В самом начале истории Японии юная дева Кусинада-химэ была обещана богу Сусаноо-но-Микото за победу над восьмиглавым драконом Ямато-но-Ороти. С тех пор для того, чтобы сдерживать нападение на Землю демонов-арагами, все перевоплощения Кусинады-химэ должны приноситься в жертву Сусаноо.

Главная героиня «Голубого семени» — пятнадцатилетняя школьница Фудзимия Момидзи, перевоплощение Кусинады-химэ. После предполагаемой гибели ее сестры-близнеца Каэдэ охрану Момидзи взяла на себя секретная японская правительственная организация, «сборная солянка» из специалистов всех областей знания и умения. Теперь они все стоят перед сложнейшей проблемой — можно ли спасти мир без возрождения человеческих жертвоприношений?

Другой защитник Момидзи — Кусанаги Мамору, демон-арагами, которому Ямато-но-Ороти приказал не допустить принесения перевоплощения Кусинады-химэ в жертву богу, чтобы в должное время демоны смогли навсегда ее уничтожить и захватить человечество. Вскоре, однако, Мамору начинает защищать Момидзи не только по приказу, но и по зову сердца.