История начинается с представления двух друзей детства — молодого археолога Сяорана, который исследует руины в королевстве Клоу, и Сакуры, принцессы мира Клоу и дочери последнего короля Клоу Рида. Когда Сакура приходит к Сяорану, её душа принимает форму двух призрачных крыльев, которые распадаются на перья и переносятся в другие измерения. Сакура оказывается при смерти, а Сяоран видит Ведьму Измерений Юко Итихару и умоляет её спасти Сакуру. К Юко также приходят ещё два человека: ниндзя Куроганэ, который был изгнан принцессой своей страны, и маг Фай, сбежавший из своего мира, опасаясь мести могущественного мага, и больше не желающий туда возвращаться. В обмен на способность путешествовать между измерениями Юко требует от каждого из них отдать то, что для них наиболее ценно. Куроганэ предлагает свой меч Гинрю, Фай — татуировку, которая ограничивает его магическую силу, а Сяоран — все воспоминания Сакуры о себе. Юко знакомит их с существом по имени Мокона Модоки, которая будет проводником и средством передвижения. Группа отправляется в путешествие сквозь измерения в поисках перьев Сакуры.