Действие происходит в 2130 году. За 50 лет до главных событий (во время 3 мировой войны) на Японию были сброшены ядерные ракеты, которые образовали мёртвые зоны. Одна из таких находится прямо в центре Токио и известна как чёрная дыра(из-за отсутствия источников света ночью). Но и чёрная дыра не безлюдна. Там обитают люди, среди которых многие обладают сверх-человеческими способностями, из-за чего получили название «лишние», они порицаются в человеческом обществе, которое боится их. Каждый лишний обладает особенным фрагментом (осколком), и может управлять определённым элементом (огонь, холод, левитация, скорость и др.).

Действие разворачивается вокруг Круза, молодого зелёноволосого парня, который спасался бегством со своей сестрой Харукой от Тестамента (боевого робота), но только один выжил, его спас Адам Блеид — уникальный лишний, который способен запоминать способности лишних и использовать их в дальнейшем. Круз присоединяется к Адаму чтобы разрушить башню Семиона, чтобы отомстить за сестру и спасти жителей чёрной дыры.