События сериала «По законам военного времени 2» разворачиваются осенью 1941 года. Следователи военной прокуратуры Рокотов, Мирский и Елагина прибывают в Харьков, где получают задание раскрыть немецкую шпионскую сеть, действующую в городе. Согласно разведданным, диверсанты в рядах беженцев направляются на Урал с целью парализовать работу военных заводов. Подозрение в пособничестве вражеским агентам падает на руководство военной прокуратуры.