Камина Аято живет обычной жизнью. Ходит в школу, проживает с мамой, встречается с одноклассниками. Но однажды всё меняется, когда огромные машины, известные как Долемы, нападают на Токио, используя силу своего разрушительного голоса. В этой неразберихе Аято встречает таинственную девочку по имени Мишима Рейка. Она приводит его в убежище, место покоя Ра-Зефона, гигантского гуманоида, обладающего силой противостоять Долемам. После пробуждения Ра-Зефона, Аято синхронизируется с ним, и его переносит за пределы Токио. Город, в котором оказался мальчик, называется Токио Юпитер, но складывается впечатление, что он отделён от остального мира. Люди, живущие, в так называемом, Токио Юпитере, полагают, что остальная часть мира стёрта с лица Земли и живут они в мире, который держит под контролем некий Му. Теперь у Аято достаточно пищи для размышлений и ему предстоит принять нервозную действительность, ведь он является ключевой фигурой в судьбе человечества.