На Земле существует система обороны против больших метеоритов, которые непреклонно приближаются к планете. Эта система защиты оснащена "Взрывателем Комет", который располагается на космических станциях, в качестве 1-й линии защиты, и использует ядерные боеголовки, установленные на космических кораблях. 2-ая линия защиты - "Уничтожитель Метеоров", расположенный на наземных авиабазах, использующий гиперзвуковые самолеты со специальными ракетами, которые уничтожают обломки метеоритов, появившиеся за счёт работы 1-й линии защиты.

Миказе - проблемная девочка, которая является пилотом-стажером в команде "Уничтожитель Метеоров", мечтающая стать асом среди взрывателей комет. Стратос 4 повествует о похождениях Миказе и ее друзей по команде в их пути становления настоящими пилотами, в то время как Земля находится перед лицом космической угрозы.