Действие D.Gray-man разворачивается в альтернативной Европе XIX века и рассказывает о Тысячелетнем Графе, строящем планы по уничтожению мира, при помощи созданных им Акума — человекоподобных существ, представляющих собой живые орудия и соединяющих в себе душу умершего человека и механическое тело. И экзорцистах, которые освобождают души умерших людей путём уничтожения . Экзорцисты состоят в некой огромной организации, которая существует 100 лет , ищет сердце "Чистой силы " и называется Чёрный Орден.