Cюжетная линия вращается вокруг новых приключений Наруто и Сакуры и их поиска Учихи Саске после того, как он оставил Коноху, став приспешником Орочимару. В это время Акацуки выходят из тени дабы получить всех Хвостатых Демонов.

После неудавшейся попытки вернуть Саске, Наруто узнает, что ему осталось менее трех лет, дабы подготовиться к битве с Орочимару, которому нужно время, прежде чем переселиться в тело Саске. Наруто также должен подготовиться к схватке с Акацуки, когда те выйдут на его след. Ради тренировки Наруто покидает Селение Листвы и подвергается интенсивному обучению под руководством Джирайи. В это время, Сакура становится ученицей Цунаде, а Саске послушником Орочимару. Таким образом, все три члена Команды 7 обучаются у Легендарных Саннинов.